Николай Петрович Вагнер (30/06/1829 — 03/04/1907) родился в Верхотурском уезде Пермской губернии (ныне город КарпинскСвердловской области) в дворянской семье.
Детство Вагнер провёл на Урале, где работал врачом его отец, Пётр Иванович Вагнер. С 1840 года, когда отец был утверждён профессором минералогии, геологии и сравнительной анатомии Казанского университета, жил в Казани.
В 1841 году Николай Вагнер обучался в частном пансионе М. Н. Львова, затем с 1842 по 1845 год учился во 2-й Казанской гимназии.
В 1845 году Вагнер поступил на отделение естественных наук Казанского университета (окончил в 1849 году со степенью кандидата с золотой медалью за сочинение «О лучших характерных признаках для классификации насекомых»).
С 1848 года начал печататься: в журнале «Русская иллюстрация» вышли его научно-популярные статьи на темы зоологии «Жуки-атехви» и «Жуки-могильщики».
После университета Вагнер преподавал естественную историю и сельское хозяйство в Нижегородском Александровском дворянском институте. В 1851 году получил степень магистра зоологии за работу «О чернобылках, водящихся в России». В 1852 году становится адъюнктом при физико-математическом факультете Казанского университета, магистром, затем доктором (1855, диссертация «Общий взгляд на паукообразных»). С 1858 года неоднократно выезжал за рубеж в научные командировки. С 1860-го — профессор зоологии, с 1862-го — ординарный профессор зоологии Казанского университета.
В 1861—1864 годах Вагнер — редактор «Учёных записок Казанского университета». В 1863 году получает Демидовскую премию Академии наук за исследование «Самопроизвольное размножение у гусениц насекомых», ставшее сенсацией в научном мире того времени. В 1869 году был удостоен премии Бордена от Парижской академии наук и избран почётным членом Сибирского университета.
В 1870—1885 годах — профессор Санкт-Петербургского университета (продолжал читать лекции до 1894 года). Основал на Соловецком острове на Белом моребиологическую станцию и был её директором до конца существования станции.
В 1877—1879 годах редактор научно-популярного журнала «Свет». C 1891 года — президент Русского общества экспериментальной психологии, с 1899 — почётный член Казанского университета. В 1901 году издал научно-популярные очерки книгой «Картины из жизни животных».